Zliczanie chromosomów w zygocie myszy przy użyciu małoinwazyjnego obrazowania żywych komórek w super rozdzielczości

W zarodkach przedimplantacyjnych nieprawidłowa liczba chromosomów powoduje niewydolność rozwojową i zmniejszenie wskaźnika ciąż. Konwencjonalne metody testowania chromosomów wymagające biopsji zmniejszają ryzyko powiązanych chorób genetycznych; niemniej jednak zmniejszenie liczby komórek również zmniejsza wskaźnik ciąż. Dlatego podjęliśmy próbę zliczenia chromosomów w mysich zarodkach przy użyciu obrazowania żywych komórek w super rozdzielczości jako nowej metody liczenia chromosomów, która nie zmniejsza liczby komórek ani żywotności. Policzyliśmy 40 chromosomów podczas pierwszej mitozy przez wstrzyknięcie do zarodków mRNA histonu H2B-mCherry w warunkach, w których można było uzyskać młode; jednak wyniki były często niedoszacowane liczby chromosomów i różniły się w zależności od zarodka i punktu czasowego.
Dlatego opracowaliśmy metodę zliczania chromosomów za pośrednictwem hybrydyzacji fluorescencji żywych komórek za pośrednictwem CRISPR/dCas, ukierunkowanej na sekwencję regionu centromeru, umożliwiającą dokładniejsze zliczanie chromosomów w zarodkach myszy. Przedstawiona tutaj metodologia może dostarczyć przydatnych informacji dla technologii wspomaganego rozrodu, takich jak te stosowane u zwierząt hodowlanych/ludzi, jako technika oceny integralności chromosomalnej zarodków przed transferem.

Hiperspektralne  zliczanie  multipleksowanych emiterów nanocząstek w pojedynczych  komórkach  i organellach

Nanomateriały są przedmiotem szeregu badań biomedycznych, handlowych i środowiskowych obejmujących pomiary w żywych komórkach i tkankach. Dokładna ocena ilościowa nanomateriałów na poziomie tkanek, komórek i organelli jest jednak często trudna, częściowo ze względu na ich niejednorodność. W tym miejscu proponujemy metodę, która wykorzystuje odmienne właściwości optyczne heterogenicznego preparatu nanomateriału w celu poprawy oceny ilościowej na poziomie pojedynczej komórki i organelli. Opracowaliśmy „liczenie hiperspektralne”, które wykorzystuje obrazowanie z ograniczoną dyfrakcją  za pomocą  mikroskopii hiperspektralnej zróżnicowanego zestawu nanomateriałów fluorescencyjnych w celu oszacowania liczby cząstek w żywych komórkach i strukturach subkomórkowych.
Opracowano model matematyczny i zastosowano symulacje Monte Carlo, aby poprawić dokładność tych szacunków, umożliwiając kwantyfikację z rozdzielczością dla pojedynczej komórki i dla pojedynczego endosomu. Zastosowaliśmy tę technikę nanometrologiczną do jednościennych nanorurek węglowych i zidentyfikowaliśmy górną granicę szybkości wychwytu przez komórki – około 3000 nanorurek poddanych endocytozie w ciągu 30 minut. W przeciwieństwie do tego, konwencjonalne liczenie obszarów zainteresowania daje 230% niedoszacowanie .
Metoda zidentyfikowała znaczną niejednorodność i szeroki niegaussowski rozkład wychwytu nanorurek węglowych w komórkach. Na przykład, podczas gdy konkretna komórka zawierała średnio 1 nanorurki na endosom, niejednorodny rozkład skutkował lokalizacją ponad 7 nanorurek w niektórych endosomach, co znacząco zmienia sposób rozliczania subkomórkowych rozkładów stężeń nanocząstek. W pracy przedstawiono metodę ilościowego określania stężenia komórkowego i subkomórkowego heterogenicznego materiału odniesienia z nanorurek węglowych, z implikacjami dla nanotoksykologii, dostarczania leków/genów oraz pól nanoczujników.

Systematyczna metoda segmentacji oparta na PCA cech barwy obrazu do  zliczania krwinek białych

Liczba leukocytów (białych krwinek, WBC) jest podstawowym czynnikiem wykorzystywanym przez lekarzy do diagnozowania infekcji i zapewniania odpowiedniego leczenia. Obecnie liczba WBC jest określana ręcznie lub półautomatycznie, co często prowadzi do błędnego liczenia. W tym artykule proponujemy zautomatyzowaną metodę, która wykorzystuje segmentację inspirowaną biologią naśladującą ludzką percepcję koloru. Opiera się na twierdzeniu, że dana osoba może zlokalizować WBC na obrazie rozmazu krwi dzięki wysokiemu kontrastowi chromatycznemu. Po pierwsze, stosując analizę głównych składowych w przestrzeniach RGB, HSV i L*a*b*, z określonymi kombinacjami, piksele leukocytów wykazują wysoką wariancję chromatyczną; skutkuje to zwiększonym kontrastem ze średnim odcieniem innych elementów rozmazu krwi.
Po drugie, chromatyczność jest przetwarzana jako cecha, bez oddzielania składników odcienia; różni się to od większości obecnych automatów, które w intuicyjny sposób wykonują operacje matematyczne między składnikami odcienia. W wyniku tej systematycznej metody rozpoznawanie WBC jest wydajne obliczeniowo, nakładające się WBC są rozdzielone, a ostateczna liczba jest bardziej precyzyjna.
W eksperymentach z benchmarkiem ALL-IDB wydajność proponowanej segmentacji została oceniona przez porównanie WBC z przetworzonych obrazów z podstawowymi danymi. W porównaniu z poprzednimi metodami proponowana metoda osiągnęła podobne wyniki pod względem czułości i precyzji oraz około 0,2% wyższą swoistość i 0,3% wyższą dokładność klasyfikacji pikseli na etapie segmentacji; również wyniki liczenia są podobne do poprzednich prac.

Wykrywanie obiektów do automatycznego  zliczania komórek  rakowych  w ksenoprzeszczepach danio pręgowanego

Liczenie komórek jest częstym zadaniem w badaniach medycznych. Jednak często jest to wykonywane ręcznie; w związku z tym jest czasochłonny i podatny na błędy ludzkie. Mimo to automatyzacja liczenia komórek może być trudna do osiągnięcia, zwłaszcza w przypadku zatłoczonych scen i nakładających się komórek, przy założeniu różnych kształtów i rozmiarów. W tym artykule przedstawiamy metodologię wykrywania i oznaczania ilościowego komórek opartą na głębokim uczeniu, aby zautomatyzować proces liczenia komórek w modelu heteroprzeszczepu raka danio pręgowanego, która jest innowacyjną techniką badania biologii nowotworów i personalizacji medycyny.
Najpierw wdrożyliśmy dopracowaną architekturę opartą na Faster R-CNN przy użyciu ekstraktora funkcji Inception ResNet V2. Po drugie, dokonaliśmy kilku poprawek, aby zoptymalizować proces, zwracając uwagę na ograniczenia, takie jak obecność nakładających się komórek, duża liczba obiektów do wykrycia, niejednorodność rozmiaru i kształtu komórek oraz mały rozmiar zestawu danych. Metoda ta skutkowała błędem mediany wynoszącym około 1% całkowitej liczby jednostek komórkowych. Wyniki te pokazują potencjał naszego nowatorskiego podejścia do ilościowego oznaczania komórek na słabo oznakowanych obrazach. W porównaniu z tradycyjną Faster R-CNN, nasza metoda poprawiła średnią precyzję z 71% do 85% na badanym zbiorze danych.

Automatyczne wykrywanie i  liczenie  krwinek   w rozmazach za pomocą RetinaNet

Pełna morfologia krwi jest jednym z ważnych testów klinicznych, które oceniają ogólny stan zdrowia człowieka i dostarczają istotnych informacji do diagnozy choroby. Konwencjonalne strategie liczenia krwinek obejmują liczenie ręczne oraz liczenie za pomocą hemocytometru i są zadaniami żmudnymi i czasochłonnymi. Ten oparty na badaniach artykuł proponuje automatyczną, opartą na oprogramowaniu, alternatywną metodę dokładnego zliczania krwinek przy użyciu sieci głębokiego uczenia RetinaNet, która służy do rozpoznawania i klasyfikowania obiektów na obrazach mikroskopowych. Po treningu sieć automatycznie rozpoznaje i liczy czerwone krwinki, białe krwinki i płytki krwi.

Cell Counting Kit-8

HY-K0301 MedChemExpress 120 mL (12000 T) 1362 EUR

Cell Counting Kit-8 (CCK-8)

B34302 Bimake 5 mL (500 ractions) 156 EUR

Cell Counting Kit-8 (CCK-8)

B34304 Bimake 25 mL (2500 ractions) 378 EUR

Cell Counting Kit-8 (CCK-8)

AR1160 BosterBio 5 mL (for 500 assays, 10μL per well) 157.2 EUR

Cell Counting Kit-8 (CCK-8)

K1018-1 ApexBio 1x1 ml (100 tests) 87.6 EUR

Cell Counting Kit-8 (CCK-8)

K1018-10 ApexBio 2x5 ml (1000 tests) 199.2 EUR

Cell Counting Kit-8 (CCK-8)

K1018-100 ApexBio 20x5 ml (10000 tests) 1062 EUR

Cell Counting Kit-8 (CCK-8)

K1018-30 ApexBio 6x5 ml (3000 tests) 393.6 EUR

Cell Counting Kit-8 (CCK-8)

K1018-5 ApexBio 1x5 ml (500 tests) 142.8 EUR

CCK-8 Cell Counting Kit

A311-01 Vazyme 500 rxn 214.8 EUR

CCK-8 Cell Counting Kit

A311-02 Vazyme 1000 rxn 280.8 EUR

Cell Counting Kit-8 (CCK8) Cell Viability Assay Kit

abx090677-500tests Abbexa 500 tests 472.8 EUR

Cell Counting Kit (CCK)

20-abx098245 Abbexa
  • 627.60 EUR
  • 493.20 EUR
  • 861.60 EUR
  • 560.40 EUR
  • 10 ml
  • 1 ml
  • 30 ml
  • 5 ml

pAAV-DJ/8 Vector

VPK-420-DJ-8 Cell Biolabs 10 µg 776.4 EUR

AAV-DJ/8 Helper Free Packaging System

VPK-400-DJ-8 Cell Biolabs 1 kit 1166.4 EUR

AAV-DJ/8 Helper Free Expression System

VPK-410-DJ-8 Cell Biolabs 1 kit 1486.8 EUR

scAAV-DJ/8 Helper Free Expression System

VPK-430-DJ-8 Cell Biolabs 1 kit 1486.8 EUR

AAV-DJ/8 Helper Free Promoterless Expression System

VPK-411-DJ-8 Cell Biolabs 1 kit 1486.8 EUR

AAV-DJ/8 Helper Free Bicistronic Expression System (Puro)

VPK-415-DJ-8 Cell Biolabs 1 kit 1486.8 EUR

AAV-DJ/8 Helper Free Bicistronic Expression System (Neo)

VPK-416-DJ-8 Cell Biolabs 1 kit 1486.8 EUR

AAV-DJ/8 Helper Free Bicistronic Expression System (Hygro)

VPK-417-DJ-8 Cell Biolabs 1 kit 1486.8 EUR

AAV-DJ/8 Helper Free Bicistronic Expression System (GFP)

VPK-418-DJ-8 Cell Biolabs 1 kit 1486.8 EUR

AAV-DJ/8 Helper Free Bicistronic Expression System (Blasticidin)

VPK-419-DJ-8 Cell Biolabs 1 kit 1486.8 EUR

1730 8 SNAP-SEAL 8 OZ

1730-8 CORNING 100/pk 88.8 EUR

Counting Slide 2 Cell Mcmaster

HAE2030 Scientific Laboratory Supplies EACH 173.28 EUR

Cell Counting Pot Square Base

CEL10500 Scientific Laboratory Supplies PK200 53.58 EUR

Individual Reaction Mix 8

G065-8 ABM 200 reactions 200.4 EUR

Organoid Counting Software

6749-OC Scientific Laboratory Supplies EACH 6542.46 EUR

Human THSD7a ELISA kit

8-E01A2155 BlueGene
  • 1524.00 EUR
  • 624.00 EUR
  • 822.00 EUR
  • 192 tests
  • 1 plate of 48 wells
  • 1 plate of 96 wells

Human IL-8 Recombinant Protein

R00423-8 BosterBio 5ug/vial 310.8 EUR

Bacterial Counting Colorimetric Assay Kit

K511-2500 Biovision 744 EUR

Bacterial Counting Colorimetric Assay Kit

K511-500 Biovision 418.8 EUR

8-Hydroxydeoxyguanosine (8-OHdG) ELISA Kit

DLR-8-OHdG-Ge-48T DL Develop 48T 562.8 EUR

8-Hydroxydeoxyguanosine (8-OHdG) ELISA Kit

DLR-8-OHdG-Ge-96T DL Develop 96T 729.6 EUR

Plastic cell counting slides Kovas Slide

DD50126 Scientific Laboratory Supplies EACH 253.08 EUR

General 8-Hydroxydeoxyguanosine (8-OHdG) ELISA Kit

RDR-8-OHdG-Ge-48Tests Reddot Biotech 48 Tests 585.6 EUR

General 8-Hydroxydeoxyguanosine (8-OHdG) ELISA Kit

RDR-8-OHdG-Ge-96Tests Reddot Biotech 96 Tests 811.2 EUR

General 8-Hydroxydeoxyguanosine (8-OHdG) ELISA Kit

RD-8-OHdG-Ge-48Tests Reddot Biotech 48 Tests 560.4 EUR

General 8-Hydroxydeoxyguanosine (8-OHdG) ELISA Kit

RD-8-OHdG-Ge-96Tests Reddot Biotech 96 Tests 775.2 EUR

Counting Chamber Helber Bacteria

COU9100 Scientific Laboratory Supplies EACH 111.72 EUR

Coverslip for counting chamber

Z5000 Scientific Laboratory Supplies PK10 19.38 EUR

Pesticide Mix 8 Containing 15 Compounds in Acetonitrile

SPXPR-8 Scientific Laboratory Supplies 1ML 249.66 EUR

CORNING COUNTING CHAMBER FOR CORNING CELL COUNTER

480200 CORNING 1/pk 170.4 EUR

8 mm Crimp head ; Level 3 High Performance Applications

ECMJ-8 Scientific Laboratory Supplies EACH 295.26 EUR

OxiSelect 8-iso-Prostaglandin F2a ELISA Kit

STA-337 Cell Biolabs 96 assays 727.2 EUR

OxiSelect 8-iso-Prostaglandin F2a ELISA Kit

STA-337-5 Cell Biolabs 5 x 96 assays 2913.6 EUR

CytoSelect 24-well Cell Migration and Invasion Assay (8 µm), Colorimetric, Combo Kit

CBA-100-C Cell Biolabs 2 x 12 assays 1166.4 EUR

CytoSelect 24-well Cell Migration and Invasion Assay (8 µm), Colorimetric, Combo Kit

CBA-100-C-5 Cell Biolabs 10 x 12 assays 4771.2 EUR

CytoSelect 24-well Cell Migration and Invasion Assay (8 µm), Fluorometric, Combo Kit

CBA-101-C Cell Biolabs 2 x 12 assays 1166.4 EUR

CytoSelect 96-well Cell Migration and Invasion Assay (8 µm), Fluorometric, Combo Kit

CBA-106-C Cell Biolabs 2 x 96 assays 1375.2 EUR

CytoSelect 24-well Cell Migration Assay (8 ?m), Colorimetric

CBA-100 Cell Biolabs 12 assays 651.6 EUR

CytoSelect 24-well Cell Migration Assay (8 ?m), Colorimetric

CBA-100-5 Cell Biolabs 5 x 12 assays 2745.6 EUR

CytoSelect 24-well Cell Migration Assay (8 ?m), Fluorometric

CBA-101 Cell Biolabs 12 assays 664.8 EUR

CytoSelect 24-well Cell Migration Assay (8 ?m), Fluorometric

CBA-101-5 Cell Biolabs 5 x 12 assays 2787.6 EUR

CytoSelect 96-well Cell Migration Assay (8 ?m), Fluorometric

CBA-106 Cell Biolabs 96 assays 762 EUR

CytoSelect 96-well Cell Migration Assay (8 ?m), Fluorometric

CBA-106-5 Cell Biolabs 5 x 96 assays 3135.6 EUR

Fast Read Disposable Counting Chambers

390497 Scientific Laboratory Supplies PK100 159.6 EUR

0.5-10UL 8-CHANNEL, DIGITAL PIPETTOR

AP-8-10 CORNING 1/pk 510 EUR

20-200UL 8-CHANNEL, DIGITAL PIPETTOR

AP-8-200 CORNING 1/pk 510 EUR

50-300UL 8-CHANNEL, DIGITAL PIPETTOR

AP-8-300 CORNING 1/pk 510 EUR

5-50UL 8-CHANNEL, DIGITAL PIPETTOR

AP-8-50 CORNING 1/pk 510 EUR

OxiSelect 8-iso-Prostaglandin F2a ELISA Kit, Trial Size

STA-337-T Cell Biolabs 32 assays 393.6 EUR

CytoSelect 24-well Cell Haptotaxis Assay (8 µm), COL-coated, Colorimetric

CBA-100-COL Cell Biolabs 12 assays 679.2 EUR

CytoSelect 24-well Cell Haptotaxis Assay (8 µm), FN-coated, Colorimetric

CBA-100-FN Cell Biolabs 12 assays 679.2 EUR

CytoSelect 24-well Cell Haptotaxis Assay (8 µm), COL-coated, Fluorometric

CBA-101-COL Cell Biolabs 12 assays 714 EUR

CytoSelect 24-well Cell Haptotaxis Assay (8 µm), FN-coated, Fluorometric

CBA-101-FN Cell Biolabs 12 assays 714 EUR

Frit Kit

FRIT-KIT Next Advance 1each 148.8 EUR

General 8-Epi Prostaglandin F2 Alpha (8-epi-PGF2a) ELISA Kit

RD-8-epi-PGF2a-Ge-48Tests Reddot Biotech 48 Tests 560.4 EUR

General 8-Epi Prostaglandin F2 Alpha (8-epi-PGF2a) ELISA Kit

RD-8-epi-PGF2a-Ge-96Tests Reddot Biotech 96 Tests 775.2 EUR

OxiSelect Nitrosative DNA/RNA Damage ELISA Kit (8-Nitroguanine Quantitation)

STA-825 Cell Biolabs 96 assays 957.6 EUR

OxiSelect Nitrosative DNA/RNA Damage ELISA Kit (8-Nitroguanine Quantitation)

STA-825-5 Cell Biolabs 5 x 96 assays 3888 EUR

N.8 Nom Kine/Dyna Viscosity Density Std

REVIS-N-8 Scientific Laboratory Supplies 500ML 190.38 EUR

CytoSelect 24-Well Cell Migration Assay (8 µm, Colorimetric Format), Trial Size

CBA-100-T Cell Biolabs 4 assays 358.8 EUR

CytoSelect 24-Well Cell Migration Assay (8 µm, Fluorometric Format), Trial Size

CBA-101-T Cell Biolabs 4 assays 358.8 EUR

BRAND(TM) BLAUBRAND(R) COUNTING CHAMBER

BR717820-1EA Scientific Laboratory Supplies EACH 81.51 EUR

Column Packing Kit

PACK-KIT Next Advance 1pack 1242 EUR

PCR Mycoplasma Detection Kit

M034-Kit TOKU-E Kit 319.2 EUR

OxiSelect Oxidative DNA Damage ELISA Kit (8-OHdG Quantitation) (1 plate)

STA-320 Cell Biolabs 96 assays 1152 EUR

OxiSelect Oxidative DNA Damage ELISA Kit (8-OHdG Quantitation) (5 plates)

STA-320-5 Cell Biolabs 5 x 96 assays 4743.6 EUR

OxiSelect Oxidative DNA Damage ELISA Kit (8-OHdG Quantitation), Trial Size

STA-320-T Cell Biolabs 32 assays 609.6 EUR

OxiSelect Oxidative RNA Damage ELISA Kit (8-OHG Quantitation) (96 tests)

STA-325 Cell Biolabs 96 assays 1152 EUR

OxiSelect Oxidative RNA Damage ELISA Kit (8-OHG Quantitation) (5x96 tests)

STA-325-5 Cell Biolabs 5 x 96 assays 4743.6 EUR

OxiSelect Oxidative RNA Damage ELISA Kit (8-OHG Quantitation), Trial Size

STA-325-T Cell Biolabs 32 assays 609.6 EUR

PSA (Prostate-specific antigen) ELISA test

8 Biobase 96T/Box Ask for price

MicroCrystal Mount Assortment, box of 20; Model #8, on 18mm rods

M4-L18SP-8 MiTeGen 20 MOUNTS 125 EUR

Cas9 Protein and T7 gRNA SmartNuclease Synthesis Kit

CAS400A-KIT SBI 1 kit (10 rxn) 1332 EUR

Pesticide Kit Containing All 10 Multi-Compound Mixes

SPXPR-KIT Scientific Laboratory Supplies 1ML 1923.18 EUR

Counting Chamber Improved Neubauer 2 x Bright

HAE2118 Scientific Laboratory Supplies EACH 91.2 EUR

Synbiosis AutoCOL Fully Automated Colony Counting System

COU2020 Scientific Laboratory Supplies EACH 119700 EUR

DiscoveryPak? Stem Cell Fate Regulator Set II

K853-8 Biovision 1305.6 EUR

DiscoveryPak? Neuronal Cell Induction Small Molecules Set

K892-8 Biovision 1096.8 EUR

PinPoint-HR System for Platform Cell Line Generation & Retargeting (includes PIN400A-1, PIN200A-1, PIN510A-1, & PIN600A-1)

PIN400A-KIT SBI 1 Kit 3357.6 EUR

CMV-hspCas9-T2A-Puro SmartNuclease Lentivector Plasmid + LentiStarter Packaging Kit

CASLV100PA-KIT SBI 1 Kit 1358.4 EUR

CMV-hspCas9-EF1-GFP SmartNuclease Lentivector Plasmid + LentiStarter Packaging Kit

CASLV105PA-KIT SBI 1 Kit 1358.4 EUR

MSCV-hspCas9-T2A-Puro SmartNuclease Lentivector Plasmid + LentiStarter Packaging Kit

CASLV120PA-KIT SBI 1 Kit 1358.4 EUR

MSCV-hspCas9-EF1-GFP SmartNuclease Lentivector Plasmid + LentiStarter Packaging Kit

CASLV125PA-KIT SBI 1 Kit 1358.4 EUR

Multiplex gRNA Kit + EF1-T7-hspCas9-H1-gRNA linearized SmartNuclease vector

CAS700A-KIT SBI 10 rxn 1358.4 EUR

Multiplex gRNA Kit + CAG-T7-hspCas9-H1-gRNA linearized SmartNuclease vector

CAS720A-KIT SBI 10 rxn 1358.4 EUR

Multiplex gRNA Kit + CMV-T7-hspCas9-H1-gRNA linearized SmartNuclease vector

CAS740A-KIT SBI 10 rxn 1358.4 EUR

PinPoint-FC System for Platform Cell Line Generation & Retargeting (includes PIN300A-1, FC200PA-1, PIN200A-1, PIN510A-1, & PIN600A-1)

PIN300A-KIT SBI 1 Kit 3357.6 EUR
Przetestowaliśmy model wyszkolony na obrazach rozmazów i stwierdziliśmy, że wyszkolony model ma uogólnione możliwości. Oceniliśmy jakość wykrywania i zliczania komórek za pomocą mierników wydajności, takich jak dokładność, czułość, precyzja i wynik F1. Ponadto zbadano zależność progów ufności i liczby epok uczenia się od uzyskanych wyników rozpoznawania i liczenia. Porównaliśmy wydajność zaproponowanego podejścia z wynikami uzyskanymi przez innych autorów zajmujących się tematyką liczenia komórek i wykazaliśmy, że wykrywanie i znakowanie obiektów może stanowić dodatkową zaletę w zadaniu liczenia obiektów.

Dodaj komentarz

Twój adres e-mail nie zostanie opublikowany.